Vous souhaitez analyser un microbiome ou vérifier la présence ou l’absence d’un organisme particulier dans un échantillon ? Biomnigene propose des approches sur mesure pour l’analyse de communautés microbiennes et la détection ciblée d’espèces. Nos services d’analyse du microbiote permettent de caractériser la flore présente dans vos échantillons, qu’ils soient d’origine intestinale, cutanée, orale, fécale ou issus de l’environnement (sol, eau, échantillons alimentaires, etc.). Nous mettons en œuvre des technologies de métagénomique pour dresser le profil de la biodiversité microbienne : séquençage d’amplicons 16S/18S/ITS (métagénomique ciblée, aussi appelée métabarcoding) pour inventorier les bactéries, archées ou champignons, ou shotgun sequencing (métagénomique shotgun) pour une vision plus exhaustive de la communauté microbienne et de ses gènes fonctionnels.
Grâce à des pipelines bio-informatiques avancés (outils tels que DADA2 et QIIME2 pour le traitement des séquences, assignation taxonomique via les bases SILVA/GTDB, etc.), nous fournissons une analyse approfondie de vos données de microbiome. Concrètement, nos rapports incluent des mesures de diversité alpha et bêta pour évaluer la richesse et le profil de votre microbiote, la mise en évidence d’espèces ou souches marqueurs discriminantes (analyse LEfSe et autres tests statistiques), ainsi que l’inférence fonctionnelle de votre écosystème microbien. Cette inférence consiste à prédire les fonctions métaboliques potentielles (par exemple les voies métaboliques présentes, annotations KEGG) à partir des données de séquençage, afin de mieux comprendre le rôle de votre microbiote ou de votre échantillon environnemental.
En plus des études de biodiversité microbienne, Biomnigene propose des analyses d’ADN environnemental (eDNA)pour des applications de biologie des populations et de biodiversité. Par exemple, nous pouvons détecter et identifier des espèces particulières (animales, végétales ou microbiennes) dans un milieu donné via le métabarcoding ou des PCR ciblées, ce qui est idéal pour le suivi de populations dans un écosystème (suivi de la faune/flore dans un environnement naturel, détection d’espèces invasives ou rares) ou le contrôle de contamination (recherche d’un organisme pathogène ou indésirable dans un produit ou un prélèvement). Que vous ayez besoin d’une étude de la biodiversité complète dans un échantillon complexe ou simplement de vérifier la présence/absence d’un organisme spécifique, nous adaptons la méthode (qPCR, PCR digitale, séquençage haut débit ciblé, etc.) pour garantir des résultats fiables et sensibles.
Biomnigene vous accompagne également pour déterminer l’impact de traitements ou de conditions externes sur une communauté d’organismes. Par exemple, nous pouvons comparer le microbiote d’échantillons témoins et traités afin d’identifier les changements dans la composition ou la structure de la communauté sous l’effet d’une molécule active, d’un probiotique, d’un biocide ou de tout autre facteur. Ces analyses permettent de mesurer l’effet d’un produit sur un écosystème donné et de détecter d’éventuelles variations significatives dans la population (disparition ou apparition de certaines espèces, variations de l’abondance relative, etc.).
