Préparation de librairies NGS

Le séquençage de nouvelle génération nécessite une préparation soigneuse du matériel génétique en amont de la réaction de séquençage pour garantir des résultats fiables.

Le séquençage haut débit est réalisé sur des fragments de taille homogène présentant à leurs extrémités de courtes séquences appelées étiquettes permettant de définir l'origine des fragments lors du séquençage simultanée de plusieurs échantillons, la fixation sur un support solide et l'initialisation de la réaction de séquençage par incorporation de dNTPs marqués.

Pour générer ces fragments qui constituent ce que l'on appelle une librairie, il existe différentes approches comme par exemple :
La préparation de librairies par fragmentation : le matériel génétique est dans un premier temps découpé en fragments de différentes tailles. La fragmentation peut être mécanique, chimique ou enzymatique. Une sélection des fragments est réalisée suivant leur taille. La dernière étape consiste en l'ajout d'étiquettes aux extrémités des fragments sélectionnés.
Etape de la préparation de librairies par fragmentation
La préparation de librairies par amplification : des régions d'intérêt sont dans un premier temps amplifiées par PCR avec des amorces spécifiques. Des étiquettes sont ajoutées aux extrémités des amplicons soit par ligation, soit par PCR.
Étapes de préparation de librairies par amplification

L'approche utilisée ainsi que l'ordre des étapes (sélection des fragments et ajout des étiquettes) peuvent varier en fonction des recommandations des fournisseurs de kits de préparation de librairies.

Pour la purification des librairies et la sélection des fragments en fonction de leur taille, BIOMNIGENE est équipée du PippinHT (Sage Science). Cet appareil permet de sélectionner simultanément des fragments d'ADN de 24 librairies différentes et ceci avec un degré d'incertitude de 5 % de la taille attendue. Par exemple, pour une taille donnée de 500 paires de bases, la longueur des fragments conservés s'échelonnera de 475 à 525 pb.

Cette méthode de purification de librairies nous permet d'homogénéiser toutes les librairies passant sur nos appareils de séquençage haut débit Illumina.

Quel que soit votre projet, Biomnigene se propose de préparer vos librairies.

PippinHT pour purification de librairies

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